尼尔斯是一个非常顽皮的小男孩儿，他家住在瑞典乡下。淘气的尼尔斯常常以欺负小动物为乐。一天，他去欺负小狐仙儿，结果被小狐仙儿变成了一个拇指大小的小人儿。
变小后的尼尔斯开始为之前的恶行付出代价：动物们欺负他，嘲笑他，都说他活该。这时，一群大雁从头顶飞过，家里的雄鹅要跟大雁飞走，尼尔斯急中生智抱住了雄鹅的脖子，从此开始了自己的流浪之旅。
尼尔斯在飞行途中领略了祖国的大好河山，也品尝了生活的酸甜苦辣。一次，他们降落到一个陌生的地方，尼尔斯饿极了，他看到远处有一条小河，于是叫雄鹅去喝水，可雄鹅一动不动，他用尽力气才把雄鹅弄到河边。雄鹅在喝水，而尼尔斯坐在一旁，又冷又饿，他陷入了沉思。这时白鹅为尼尔斯捉了一条鱼，尼尔斯感动极了，不由得更加悔恨自己以前对动物们的种种恶行。
在之后的旅行中，尼尔斯交到了许多朋友，也遇到了许多危险。一次，聪明的尼尔斯从残忍的狐狸口中救出了一只可怜的大雁，领头的大雁非常感动。当尼尔斯被狐狸追杀遇险时，雁群为了报恩全力保护他，甚至愿意为此付出生命的代价。尼尔斯很感动，和雁群结下了深厚的友谊。之后，尼尔斯一行慢慢摆脱了狐狸的追杀，尼尔斯在此过程中不断成长，他渐渐变得勤劳勇敢，乐观善良，还结交了许多动物朋友呢!
当尼尔斯回到家乡和大雁告了别，他已恢复原形，变成了一个乐观开朗、体贴孝顺、温和善良、乐于助人的好孩子。
