故事发生在一个遥远的小村庄，村庄里有一个淘气男孩，尼尔斯。 因为捉弄了小精灵，变成了一个拇指般的小人，向动物们求助时却遭到他们无情讽刺和嘲笑。为了不让大白鹅莫顿飞走，他骑上了鹅背开启了奇妙之旅。
为了能和大雁在一起，尼尔斯勇敢的从狐狸口中救出了一只大雁，从此他成了雁群中的一员，途中他们经过城堡帮助了快要灭绝的黑老鼠，并来到了库拉山，欣赏了精彩的“鹤之舞表演大会”，但是狐狸想尽办法报复尼尔斯，一路追踪雁群，尼尔斯尽心尽力的帮助雁群，但在跟狐狸周旋时，尼尔斯不幸被乌鸦们抓走了。乌鸦叼走尼尔斯，并要求她打开装满银币的罐子，最后“迟钝儿”救了尼尔斯，但自己被狐狸抓死了。尼尔斯还帮助可怜老夫人完成了遗愿与雁群生活在了一起。
冬天到了大雁经过尼尔斯家时让他回家看看，但不幸的是莫顿被尼尔斯爸爸妈妈抓走了，他忙去解救，到了家门口他发现他重新变回了人和家人生活在一起，从此成好孩子。
